課税売上げに係る消費税額から控除する課税仕入れ等に係る消費税額（以下「仕入控除税額」といいます。）の計算方法は、その課税期間中の課税売上割合が95%以上であるか95%未満であるかにより異なります。

1　課税売上割合が95%以上の場合
課税期間中の課税売上げに係る消費税額から、その課税期間中の課税仕入れ等に係る消費税額の全額を控除します。

2　課税売上割合が95％未満の場合
課税仕入れ等に係る消費税額の全額を控除するのではなく、課税売上げに対応する部分のみを控除します。
したがって、 次の（1）又は（2）のいずれかの方式によって計算した仕入控除税額を、その課税期間中の課税売上げに係る消費税額から控除します。

（1）　個別対応方式 その課税期間中の課税仕入れ等に係る消費税額のすべてを

イ　課税売上げにのみ要する課税仕入れ等に係るもの
ロ　非課税売上げにのみ要する課税仕入れ等に係るもの
ハ　課税売上げと非課税売上げに共通して要する課税仕入れ等に係るもの に区分し、次の算式により計算した仕入控除税額をその課税期間中の課税売上げに係る消費税額から控除します。
(算式) 仕入控除税額＝イ＋（ハ×課税売上割合）
この方式は上記の区分がされている場合に限り、採用することができます。
(注)　課税売上割合に代えて、所轄税務署長の承認を受けた課税売上割合に準ずる割合とすることもできます。 なお、課税売上割合に準ずる割合については、コード6417課税売上割合に準ずる割合を参照してください。

（2）　一括比例配分方式

その課税期間中の課税仕入れ等に係る消費税額が（1）の個別対応方式のイ、ロ及びハのように区分されていない場合又は区分されていてもこの方式を選択する場合に適用します。 その 課税期間中の課税売上げに係る消費税額から控除する仕入控除税額は、次の算式によって計算した金額になります。
(算式) 仕入控除税額＝課税仕入れ等に係る消費税額×課税売上割合
なお、この一括比例配分方式を選択した場合には、2年間以上継続して適用した後でなければ、個別対応方式に変更することはできません。